رأس الجهاز العديد من ضباط كبار الجيش منهم على سبيل المثال المشير عبد الحليم أبو غزالة وزير الدفاع السابق، اللواء عمر سليمان نائب الرئيس حاليا ورئيس جهاز المخابرات العامة سابقا، واللواء مراد موافي رئيس جهاز المخابرات العامة الذي عين خلفا لسليمان في يناير/ كانون الأول 2011. تختص المخابرات الحربية بمتابعة القضايا المتصلة بالأمن القومي من الناحية العسكرية، ومنها على سبيل المثال لا الحصر متابعة وقراءة واستطلاع تحركات العدو وجمع المعلومات الخاصة بتشكيلاته القتالية واستعداداته في حالة السلم والحرب، مسح الواقع الميداني للعمليات العسكرية بما فيها المسح الجغرافي ومطابقتها مع الخرائط العسكرية التفصيلية وتقديم هذه المعلومات إلى القيادة العسكرية والسياسية لتقدير الموقف على الأرض، ولذلك يُعد عملها حاسما في تقدير الموقف الإستراتيجي. بيد أن هذه المهمة كانت وما تزال -منذ عهد عبد الناصر- تتقاطع مع ملفات داخلية منها متابعة التيارات السياسية المناهضة الموجودة داخل الجيش، والقضايا المدنية الأخرى التي ترتبط بشكل غير مباشر بالأمن العسكري والقوات المسلحة. ولعل اغتيال السادات على يد عناصر إسلامية داخل الجيش كان الضربة الكبرى الثانية التي تلقتها المخابرات الحربية بعد أخفاقها في قراءة المعطيات الاستخباراتية -من بينها معلومات دبلوماسية- حول قيام إسرائيل بشن حرب على الجبهتين السورية والمصرية صبيحة الخامس من يونيو/ حزيران 1967.
سيكادا هو اسم يطلق على منظمة سرية غامضة تقوم بتجنيد محللي شفرات ولغويين من العامة عبر مجموعة من الألغاز المعقدة. أول أحجية على شبكة الانترنت تم اطلاقها في يناير ودامت حوالي شهر واحد. أطلقت جولة ثانية بعد عام من سابقتها في يناير ، وجولة ثالثة عقب تأكيد مفتاح/دليل جديد على تويتر في يناير. الهدف المعلن منها هو تجنيد "أشخاص أذكياء" من خلال تقديم سلسلة من الألغاز التي يتعين حلها واحدة تلو الأخرى. لم تنشر ألغاز جديدة في يناير ، إلى أن تم تحميل دليل جديد على تويتر في ي] في أبريل ، وجدت رسالة مشفرة ببرنامج للخصوصية الجيدة جدا: "احذر المسارات الخاطئة. تحقق دائمًا من توقيع من تنفي هذه الرسالة صراحة صحة أي لغز غير موقع في الآونة الأخيرة، كما في أبريل. ركزت هذه الأحاجي بشكل كبير على أمن البيانات، علم التشفير (علم التعمية) والستيغانوغرافي. لقبت سيكادا بـ"أكثر الألغاز اتقانا وغموضا وتعقيدا في عصر الانترنت"، وأدرجت في قائمة "أغرب 5 ألغاز الانترنت التي لم يتم حلها"، وتواجدت تكهنات كثيرة فيما يتعلق بوظيفتها. الكثير خمن أن الألغاز ما هي سوى أداة تجنيد لدى وكالة الأمن القومي الأمريكي، وكالة المخابرات المركزية، جهاز الاستخبارات البريطاني أو كونها مؤامرة ماسونية أو حتى مجموعة مسترزقة على شبكة الانترنت.
كما تعاونت المخابرات المصرية في مراقبة ومتابعة جماعات معادية لإسرائيل مثل حركة المقاومة الإسلامية حماس في فلسطين، وحزب الله في لبنان. وفي جزء من 250 ألف برقية دبلوماسية حصل عليها موقع ويكيليكس على الإنترنت، ذكرت برقيات أميركية يعود تاريخها إلى أبريل/ نيسان 2009 أن وزير الداخلية المصري السابق اللواء حبيب العادلي كان وراء تفكيك خلية لحزب الله في سيناء وكذلك "خطوات لوقف تدفق أسلحة إيرانية من السودان عبر مصر إلى غزة ". عملية اغتيال السادات كانت ضربة قاسية لجهاز المخابرات الحربية (الفرنسية-أرشيف) وجاء في الوثائق أنه في نهاية ذلك الشهر أبلغ مدير المخابرات المصرية، في حينه عمر سليمان، المسؤولين الأميركيين أن مصر تحقق "نجاحاً" في منع إيران من تمرير دعم مالي إلى حماس. ونقلت صحيفة غادريان البريطانية في السابع من ديسمبر/ كانون الأول 2010 قوله إن مصر وجهت رسالة واضحة إلى إيران مفادها أنها إذا تدخلت في مصر فإن الأخيرة ستتدخل في إيران، مضيفاً أن جهاز المخابرات المصري بدأ بالفعل تجنيد عملاء في العراق وسوريا. المخابرات الحربية تتبع إدارة المخابرات العسكرية والاستطلاع المصرية، وتعرف اختصارا باسم المخابرات الحربية، لوزارة الدفاع.
يشير الباحثون المتابعون للشأن الأمني المصري، ومنهم الكاتب الأميركي لاري غوودسن أستاذ الدرسات الشرق الأوسطية بكلية الحرب الأميركية، أن جهاز المخابرات المصرية كان وما يزال مكلفا بمتابعة الملف الداخلي إضافة إلى مهمته المتصلة بالأمن القومي. ويلفت معهد غلوبال سيكوريتي، في تقرير تحليلي للوضع الأمني المصري، إلى أن الرئيس جمال عبد الناصر أسس الجهاز لحماية الأمن القومي بما في ذلك متابعة الوضع الداخلي ولا سيما التيارات السياسية المعارضة مثل الشيوعيين والإخوان المسلمين، مشيرا إلى أن الوضع لم يختلف كثيرا في عهد خلفه أنور السادات. بعد 1979 بعد توقيع عملية السلام مع إسرائيل عام 1979، توجه جهاز المخابرات العامة للخوض في القضايا الداخلية أكثر دون التخلي عن مهمته في مكافحة الجاسوسية، وتم الإعلان فعلا عن كشف واعتقال عدد من الجواسيس الإسرائيليين آخرهم شبكة يديرها ضابط إسرائيلي تم اعتقال بعض من أفرادها -بينهم من جنسيات عربية- نهاية العام 2010. ومن أهم الملفات التي تعاملت معها هيئة المخابرات المصرية خلال الثمانينيات وصاعدا قضايا مكافحة الإرهاب ومتابعة وملاحقة أفراد الجماعات المسلحة ذات التوجه الديني المتشدد، مثل تنظيم القاعدة وجماعة التكفير والهجرة، وفي هذه المرحلة بنت المخابرات المصرية علاقات وثيقة مع العديد من أجهزة المخابرات العالمية وعلى رأسها الاستخبارات المركزية الأميركية (سي آي أي).
عمر سليمان (يسار) مع الرئيس الفلسطيني في لقاء سابق جرى في شرم الشيخ (الفرنسية-أرشيف عدي جوني-الجزيرة نت ينقسم جهاز الاستخبارات المصرية إلى ثلاثة أقسام رئيسية: هيئة المخابرات المصرية العامة وتتبع رئاسة الجمهورية، والمخابرات العسكرية وتتبع وزارة الدفاع، ومديرية مباحث أمن الدولة التي تتبع وزارة الداخلية. تضطلع الأجهزة الثلاثة بمهمة الحفاظ على الأمن القومي مع تركيز مباحث أمن الدولة على الوضع الداخلي أكثر من الجهازين الباقيين. المخابرات العامة هي هيئة المخابرات أو جهاز الدفاع الوطني يتكون شعارها من عين حورس الشهيرة في الأعلى، وأسفلها مباشرة نسر قوي ينقض على أفعى سامة لينتزعها من الأرض، ويرمز الشعار لقوة الجهاز وصرامته في مواجهة الأخطار والشرور التي تواجه الأمن القومي للبلاد، وتعود تبعية الجهاز لرئاسة الجمهورية بشكل مباشر. أنشئ الجهاز بعد حركة يوليو 1952 لينهض بحال الاستخبارات المصرية حيث أصدر الرئيس الراحل جمال عبد الناصر (1918-1970) قراراً رسمياً بإنشاء جهاز استخباري حمل اسم "المخابرات العامة" عام 1954، وأسند إلى زكريا محيي الدين مهمة إنشائه بحيث يكون جهاز مخابرات قويا لديه القدرة على حماية الأمن القومي.